Презентация Деревья (trees) «…великое Дерево Жизни заполняет земную кору своими мертвыми и сломанными ветвями и покрывает поверхность вечно ветвящимися и прекрасными побегами» Ч. Дарвин онлайн
На нашем сайте вы можете скачать и просмотреть онлайн доклад-презентацию на тему Деревья (trees) «…великое Дерево Жизни заполняет земную кору своими мертвыми и сломанными ветвями и покрывает поверхность вечно ветвящимися и прекрасными побегами» Ч. Дарвин абсолютно бесплатно. Урок-презентация на эту тему содержит всего 22 слайда. Все материалы созданы в программе PowerPoint и имеют формат ppt или же pptx. Материалы и темы для презентаций взяты из открытых источников и загружены их авторами, за качество и достоверность информации в них администрация сайта не отвечает, все права принадлежат их создателям. Если вы нашли то, что искали, отблагодарите авторов - поделитесь ссылкой в социальных сетях, а наш сайт добавьте в закладки.
Оцените презентацию от 1 до 5 баллов!
- Тип файла:ppt / pptx (powerpoint)
- Всего слайдов:22 слайда
- Для класса:1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11
- Размер файла:421.50 kB
- Просмотров:71
- Скачиваний:0
- Автор:неизвестен
Слайды и текст к этой презентации:
№1 слайд
Содержание слайда: Деревья
(trees)
«…великое Дерево Жизни заполняет земную кору своими мертвыми и сломанными ветвями и покрывает поверхность вечно ветвящимися и прекрасными побегами»
Ч. Дарвин
№2 слайд
Содержание слайда: Задача построения филогенетического дерева
№3 слайд
Содержание слайда: Реальные события : Данные: Построенное дерево
эволюция в природе или в например, древовидный граф,
лаборатории, а.к. последо- вычисленный на основе
компьютерная симуляция вательности или данных, может
количество отражать или не
усиков отражать реальные
события
№4 слайд
Содержание слайда: Будни биоинформатика – деревья, деревья…
№5 слайд
Содержание слайда: Рутинная процедура
Составление выборки последовательностей
Множественное выравнивание
Построение дерева
фрагмент записи в виде правильной скобочной структуры:
Визуализация и редактура дерева
№6 слайд
Содержание слайда: Основные термины
№7 слайд
Содержание слайда: Какие бывают построенные деревья?
№8 слайд
Содержание слайда: Какие бывают построенные деревья?
№9 слайд
Содержание слайда:
№10 слайд
Содержание слайда: Искусственный способ укоренения деревьев
Бескорневое дерево можно «укоренить», если ввести внешнюю группу OTU (outgroup).
Внешния группа должна быть "старше", т.е. заведомо отделиться раньше, чем произошла дивергенция остальных OTU.
№11 слайд
Содержание слайда: Какие бывают построенные деревья ?
Расстояние по дереву не то же самое, что
эволюционное расстояние между данными
Ультраметрические деревья
Корневое дерево, в котором для любых
листьев i и j расстояние D(i,j) – метка наименьшего
общего предка i и j .
В таком дереве все листья находятся на
одинаковом от корня, что соответствует
одинаковой скорости эволюции всех ветвей
Аддитивные деревья
Дерево, в котором для любых вершин i и j расстояние D(i,j) – это эволюционный путь от i к j . При этом расстояния от i и от j до их наименьшего общего предка могут сильно различаться.
Другие …
№12 слайд
Содержание слайда: Как можно нарисовать построенное дерево?
№13 слайд
Содержание слайда: Основные алгоритмы построения филогенетических деревьев
Методы, основанные на оценке
расстояний (матричные методы):
Вычисляются эволюционные
расстояния между всеми вершинами
(OTUs) и строится дерево, в котором
расстояния между вершинами
наилучшим образом соответствуют
матрице попарных расстояний.
UPGMA (Unweighted Pair Group with Arithmetic Mean)
Ближайших соседей
(Neighbor-joining, NJ)
№14 слайд
Содержание слайда: Методы, основанные на оценке
расстояний
Дано:
М – матрица n x n,
где Mij>=0 , Mij – эволюционное расстояние
между листьями (OTU).
Задача:
Построить реберно взвешенное (an edge-weighted) дерево, где каждая вершина (лист) соответствует объекту из M , а расстояние, измеренное по дереву между вершинами (листьями) i and j соответствует Mij.
№15 слайд
Содержание слайда: UPGMA
(алгоритм последовательной кластеризации)
Выбираем 2 наиболее похожие
вершины a, c.
Строим новый узел k такой, что D(a,k)=D(b,k)=D(a,c)/2.
Пересчитываем матрицу
попарных расстояний :
D(b, a or c) = [ D(b,a) + D(b,c) ] /2 = (8+9)/2=8.5
D(d, a or c) = [ D(d,a) + D(d,c) ] /2=(12+11)/2=11.5
Повторяем процедуру….
В конце концов получаем единственное ультраметрическое
укорененное дерево
=11.5
№16 слайд
Содержание слайда: Не пользуйтесь UPGMA!
№17 слайд
Содержание слайда: Метод ближайших соседей (Neighbor-joining, NJ)
1. Рисуем «звездное» дерево и будем "отщипывать" от него по паре
вершин, рассмотрим все возможные пары вершины.
пусть - «среднее» расстояние до других вершин.
2. Выберем 2 вершины i и j с минимальным значением
Mij – ui –uj
т.е. выбираем 2 узла, которые близки друг к другу, но далеки ото всех остальных.
№18 слайд
Содержание слайда: Метод ближайших соседей (Neighbor-joining, NJ)
3. Кластер (i, j) – новый узел дерева
Расстояние от i или от j до узла (i,j):
di, (i,j) = 0.5(Mij + ui-uj)
dj, (i,j) = 0.5(Mij + uj-ui)
т.е. длина ветви зависит от
среднего расстояния до других вершин.
4. Вычисляем расстояние от нового кластера до всех других
M(ij)k = Mik+Mjk – Mij
2
5. В матрице М убираем i и j и добавляем (i, j).
Повторяем, пока не останутся 2 узла......
№19 слайд
Содержание слайда: Метод ближайших соседей (Neighbor-joining, NJ)
Строит бескорневое аддитивное дерево
Может работать с большим количеством данных
Достаточно быстрый алгоритм
Хорошо зарекомендовал себя на практике: если есть недвусмысленное с точки зрения эксперта дерево, то оно будет построено.
Используется при множественном выравнивании с помощью
программы ClustalW
Могут появиться ветви с длиной <0
№20 слайд
Содержание слайда: Достоверность топологии. Bootstraps.
Создадим псевдоданные:
N множественных выравниваний той же длины, что и исходное, каждое из псевдовыравниваний - случайный набор столбцов из исходного.
Построим N деревьев:
на каждом внутреннем узле отметим долю
случаев из N, в которых появлялся
этот узел.
Обычно верят в топологию, если метки узлов на бутстрепном дереве больше 70-80% . Если меньше 30%, то не верим. В иных случаях – думаем…
№21 слайд
Содержание слайда:
№22 слайд
Содержание слайда: Trees
Скачать все slide презентации Деревья (trees) «…великое Дерево Жизни заполняет земную кору своими мертвыми и сломанными ветвями и покрывает поверхность вечно ветвящимися и прекрасными побегами» Ч. Дарвин одним архивом:
