Презентация Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики онлайн
На нашем сайте вы можете скачать и просмотреть онлайн доклад-презентацию на тему Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики абсолютно бесплатно. Урок-презентация на эту тему содержит всего 40 слайдов. Все материалы созданы в программе PowerPoint и имеют формат ppt или же pptx. Материалы и темы для презентаций взяты из открытых источников и загружены их авторами, за качество и достоверность информации в них администрация сайта не отвечает, все права принадлежат их создателям. Если вы нашли то, что искали, отблагодарите авторов - поделитесь ссылкой в социальных сетях, а наш сайт добавьте в закладки.
Оцените презентацию от 1 до 5 баллов!
- Тип файла:ppt / pptx (powerpoint)
- Всего слайдов:40 слайдов
- Для класса:1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11
- Размер файла:5.20 MB
- Просмотров:59
- Скачиваний:0
- Автор:неизвестен
Слайды и текст к этой презентации:
№1 слайд
Содержание слайда: Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики
Ким Александра Валерьевна,
Институт химической кинетики и горения СО РАН,
Новосибирск
№2 слайд
Содержание слайда: Свободная энергия?
№3 слайд
Содержание слайда: Свободная энергия Гиббса
NPT-ансамбль:
№4 слайд
Содержание слайда: Свободная энергия Гиббса
движущая сила, приводящая систему к равновесию,
в равновесии – минимальна.
выгодный процесс (спонтанный)
невыгодный (неспонтанный)
№5 слайд
Содержание слайда: Предсказательная сила
Может указать состояние, к которому придёт система рано или поздно.
Предсказать вероятность нахождения интересующего состояния
растворима ли молекула,
свяжутся ли молекулы и т.д.
№6 слайд
Содержание слайда: Вероятность найти систему в состоянии i
Средняя энергия:
№7 слайд
Содержание слайда: Как посчитать?
Как велика статсумма?
№8 слайд
Содержание слайда: Растворение
№9 слайд
Содержание слайда: Метод Видома
Избыточный химический потенциал внедрения частицы
№10 слайд
Содержание слайда: Растворение большой молекулы
№11 слайд
Содержание слайда: Перекрывание фазовых пространств
№12 слайд
Содержание слайда: Перекрывание фазовых пространств
№13 слайд
Содержание слайда: Перекрывание фазовых пространств
№14 слайд
Содержание слайда: Растворение большой молекулы
№15 слайд
Содержание слайда: Растворение большой молекулы
№16 слайд
Содержание слайда: Алхимические превращения
№17 слайд
Содержание слайда: Мягкое ядро (soft core)
№18 слайд
Содержание слайда: На практике
Сделать топологию, в которой:
атомы растворённой молекулы имеют нулевые параметры LJ
заряды растворённой молекулы равны 0
Провести моделирование системы с рядом значений параметра порядка
Провести моделирование системы в вакууме при
Свободная энергия растворения будет равна
№19 слайд
Содержание слайда: для разных
Отключение Кулона и Леннард-Джонса:
№20 слайд
Содержание слайда: Суммарная
№21 слайд
Содержание слайда: Перекрывание распределений
№22 слайд
Содержание слайда: Или суммировать с весами?
MBAR (Multistate Bennett Acceptance Ratio)*
Минимизирует погрешность, подбирая весовые функции
Реализован в пакете GROMACS
№23 слайд
Содержание слайда: Свободная энергия растворения C8E6
№24 слайд
Содержание слайда: Растворение нескольких молекул
№25 слайд
Содержание слайда: Термодинамический цикл
№26 слайд
Содержание слайда: Свободная энергия гидрофобного взаимодействия
№27 слайд
Содержание слайда: Umbrella sampling
№28 слайд
Содержание слайда: Потенциал средней силы
Глицирризиновая кислота
№29 слайд
Содержание слайда: PMF
№30 слайд
Содержание слайда: Нифедипин
№31 слайд
Содержание слайда:
№32 слайд
Содержание слайда: Сходимость PMF
№33 слайд
Содержание слайда: Литература
Berk Hess. Free energy calculations. GROMACS workshop 2007, slides
G. Pieffet, Alan E. Mark. Introduction to free energy calculation methods. Url
Justin A. Lemkul. Simple free energy calculations. (D. Mobley tutorial using BAR for methane). Url
Sander Pronk. Tutorial for calculating a free energy of solvation of ethanol. pdf
№34 слайд
Содержание слайда: Литература
Pohorille, A., Jarzynski, C., Chipot, C. (2010). Good practices in free-energy calculations. The Journal of Physical Chemistry B, 114(32), 10235-10253.
Klimovich, P. V., Shirts, M. R., & Mobley, D. L. (2015). Guidelines for the analysis of free energy calculations. Journal of computer-aided molecular design, 29(5), 397-411.
Shirts, M. R., & Mobley, D. L. (2013). An introduction to best practices in free energy calculations. In Biomolecular Simulations (pp. 271-311). Humana Press, Totowa, NJ.
№35 слайд
Содержание слайда: Thank you!
№36 слайд
Содержание слайда: Диффузия и проницаемость
№37 слайд
Содержание слайда: Диффузия и проницаемость
Проницаемость мембраны для малой молекулы, информация из профиля PMF была скомбинирована с коэффициентом диффузии через мембрану.
, где интегрируется сопротивление «слоёв» мембраны по z.
№38 слайд
Содержание слайда: PMF для разных молекул
№39 слайд
Содержание слайда: Проницаемость: корреляция теории и эксперимента
К-т линейной коррелляции .
Определены границы проницаемости.
№40 слайд
Содержание слайда: Проницаемость: предсказание
(для других молекул) предсказаны корректно
Скачать все slide презентации Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики одним архивом:
